南山区医疗集团是南山区委区政府贯彻落实深圳市医改工作整体部署成立的基层医疗集团，旨在以“强基层、建高地、促协同、保健康”为主线，努力构建优质高效的整合型卫生健康服务体系。南山区医疗集团实施“1+C+N”模式：“1”为医疗集团管理机构——南山区医疗集团总部（含所辖社区健康服务机构），为南山区卫生健康局直属五级事业单位；“C”为医疗集团成员单位——区属各公立医疗卫生机构（南山区人民医院、前海蛇口自贸区医院、南山区妇幼保健院、南方科技大学医院、南山区慢性病防治院、南山区疾控中心等）；“N”为辖区其他高水平医疗卫生机构。

南山区医疗集团总部成立于2018年，主要职能为统筹管理全区医疗资源调配、学科建设、人才管理、信息化建设，整合辖区区属社康机构，搭建完善、协调、统一、高效的基层医疗集团管理体制。